南瓜病蟲害有10多種，常見的有二病三蟲，即細菌性緣枯病，白粉病，小地老虎，蚜蟲和紅葉螨，要十分注意防治。
1、細菌性緣枯病。該病病原為邊緣假單胞菌邊緣假單胞致病型，除侵染南瓜外，還可侵染黃瓜。南瓜的葉、葉柄、莖、卷須和果實均可受害，初在水孔附近產生水浸狀小斑點，后擴大為淡褐色不規則形斑，周圍有暈圈。嚴重的產生大型水浸狀病斑，由葉緣向葉中間擴展呈楔型，葉柄、莖等上病斑亦呈水浸狀，褐色。果實染病先在果柄上形成水浸狀病斑，后變褐色，果實黃化凋萎，脫水后成木乃伊狀。濕度大時病部溢出菌膿。該病的發生主要受降雨引起的濕度變化及葉面結露影響。當濕度上升到70%以上或飽和達6-8小時即可發病，結露時間越長發病越重。 防治方法：用50℃溫水浸種20分鐘，撈出晾干后催芽播種，還可以用次氯酸鈣300倍液浸種2小時或100萬單位硫酸鏈霉素500倍液浸種2小時。沖洗干凈后催芽播種。選無病土育苗，與非瓜類作物實行2年以上輪作，加強田間管理，及時清除病葉，在發病初期或蔓延開始期可選用50%甲霜銅可濕性粉劑600倍液，也可選用72%農用鏈霉素4000倍液或1:2:300-400波爾多液噴霧。
2、白粉病。病原為子囊菌亞門，瓜白粉菌和瓜單囊殼。6月上旬開始發生，該病以菌絲或分生孢子在寄主上越冬或越夏，成為翌年初侵染源。分生孢子借氣流或雨水傳播落在寄主葉片上，分生孢子先端產生芽管和吸器從葉片表皮侵入，菌絲體附著在葉表面，從萌發到侵入需24小時，5天后在侵染處形成白色菌絲叢狀病斑，經7天成熟形成分生孢子，進行再侵染。白粉病能否流行取決于濕度和寄主的長勢，一般濕度大有利于其流行。 防治方法：發病初期，噴灑15%三唑酮可濕性粉劑1500倍液或多硫懸浮劑500-600倍液。技術要點：早預防、午前防、噴周到和大水量。保護地可采取煙霧法，硫磺粉熏煙或45%百菌清煙劑熏。
3、小地老虎。鱗翅目夜蛾科，別名土蠶、地蠶、黑土蠶。幼蟲將南瓜幼苗近地面的莖部咬斷，使整株死亡，造成缺苗斷壟。嚴重時甚至毀種。小地老虎以老熟幼蟲、蛹及成蟲越冬，卵產在5厘米以下雜草上，尤其在貼近地面的葉背或嫩莖上。卵散產或成堆產。幼蟲共6齡，3齡前在地面雜草或寄主幼嫩部位取食，3齡后分散危害，白晝潛伏在表土中，夜間出來危害。動作敏捷，性殘暴，能自相殘殺。1代幼蟲危害期在4月上旬至下旬。定苗前每平方米有幼蟲0.5-1頭，定苗后每平方米有幼蟲0.1-0.3頭即應防治。 防治方法：早春清除田內外雜草，防止地老虎成蟲產卵是關鍵的一環。如發現1-2齡幼蟲，應噴藥除草。定植前，小地老虎僅以田中雜草為食，可選擇地老虎喜食的灰菜、刺兒菜等雜草堆放誘集幼蟲或人工捕捉或拌入藥劑毒殺。小地老虎1-3齡幼蟲抗藥性差且暴露在寄主植物或地面上，是藥劑防治的適期，噴灑40.7%毒死蜱乳油，每畝90-120克對水50-60千克，或90%敵百蟲800倍液或50%辛硫磷800倍液。
4、瓜蚜和紅葉螨。瓜蚜以成、若蟲在葉背和嫩莖上吸食汁液。葉片受害后卷縮，老葉受害，提前枯落，縮短結瓜期造成減產。瓜蚜年發生20-30代，以卵在越冬寄主或以成蚜在溫室內蔬菜上越冬或繼續繁殖。5月份產生有翅蚜遷入瓜地。6月份蟲口密度大，為害重。紅葉螨又名紅蜘蛛，5月上、中旬遷入南瓜田，先點片發生而后擴散全田。高溫低濕的6-7月危害重，尤其干旱年份易于大發生。但溫度30℃以上和相對濕度超過70%時不利其繁殖，暴雨有抑制作用。 防治方法：防治蚜蟲，畝用10%蚜虱凈20克對水40千克噴霧；防治紅葉螨可用掃螨凈或克螨特。蚜蟲和紅葉螨并發田地可用20%滅掃利乳油2000倍液噴霧。